《药物设计学(第2版)》将原第十章“计算机辅助药物设计”这部分内容分为“基于片段的药物分子设计”、“基于受体结构的药物分子设计”和“基于配体结构的药物分子设计”三章撰写。另外，由于ADMET在近代药物设计与发现中越来越受到人们的重视，其在创新药物研究与发现中的意义不言而喻，因此，将这部分内容专设为第八章介绍。其余部分内容没做大的调整。第一章是药物设计的生命科学基础；二、三章是细胞间的信号转导及内源性生物活性物质的调节机制与有关药物设计；四、五章是基于酶促原理和核酸代谢原理的药物设计；六、七章主要介绍在药物研究与开发中较成熟且实用的前药原理和生物电子等排体原理与方法；九、十章是基于组合化学和化学基因组学原理的药物设计，也是近年来新药研发的前沿领域；最后第十四章是新药开发的基本途径与方法，通过该章的学习，使读者了解新药从发现到开发上市的基本过程。考虑到新药开发上市是药物设计的终极目标，为了让读者能了解到世界新药研发的基本趋势，尤其是便于从事新药研发的科研人员的立项选题，特将2007～2009年世界上市新药综览专门设为一节并列表介绍。
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