《生成的逻辑:系统科学"整体论"思想研究》从整体论的发展历史出发，阐述了“整体论”这一与人们的世界观、认识论、及方法论密切相关的哲学范畴，梳理了从人类文明萌芽至今整体论在不同的时代、不同科学背景和文化背景下的含义与特征以及发展演变的历史，揭示了整体性思想在系统科学发展过程中的演进路线。系统科学的核心原则是整体论思想，整体论思想的核心是突现，突现的实质是新质的产生和显现。从而揭示整体性思想对科学史和科学哲学的影响。
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