在英国靠近海岸的泥洼小镇上，住着英国著名的自然学家杜立德医生。在杜立德医生的诊所里，没有病人，只有各种奇妙可爱的动物：会煮菜的鸭子黛黛、爱出主意的鹦鹉波妮、机智过人的狗吉卜、爱哭的大鳄鱼、敏捷勤快的猴子奇奇等。杜立德医生在波妮的启蒙教导下，学会了多种动物的语言，成了动物的好朋友。年仅9岁，心地善良并充满好奇心，且聪明可爱的小汤米是杜立德医生的助手，更是他心爱的伙伴。在杜立德医生的影响下，小汤米对自然、历史、科学也充满了浓厚的兴趣，于是，他们俩结伴旅行，从而引发出一连串妙趣横生的冒险故事。
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