《R软件:应用统计方法(修订版)》无法涵盖所有应用范畴，但是学好R程序语言是完善应用R软件的必要条件，因此《R软件:应用统计方法(修订版)》内容包含R程序语言与统计分析两个部分。由于R软件功能强大，提供众多分析程序包，一个统计计算问题经常有数个不同的程序写法，往往导致初学者无所适从。同时，程序语言的撰写能力通常是由模仿而来。为了顾及初学者的需求，《R软件:应用统计方法(修订版)》各章节将先介绍初学者比较容易上手的简单程序写法，然后再提及其他较高阶的参考做法。这样，初学者才能很快进入状态，而不会迷失在多种不同的解决方法中。
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