《怀疑的化学家》旨在以实验为基础摧毁一切旧自然哲学的物质学说的不可靠的实验基础，其中也夹杂有他对物质之谜的构想，一种不同于以前的任何一种原子论或微料论的构想。
《怀疑的化学家》全书共分六部分，外加“序言”和“结论”等，所展现的是波义耳对当时亚里士多德学派的元素理论或化学家们的要素学说的质疑与批判。尽管它在表述微粒哲学见解时，在“用理智来衡度真理”时，显得十分犹疑，但它的批判，基于实验的批判，却是至为清晰的、锐利的。它虽没有促使17世纪的化学家们从整体上接受微粒哲学的思维模式，但却使他们感到了震撼。
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