《红树林研究论文集(第7集)(2005-2009)》共分七个部分：前言部分收录纪念林鹏院士的论文1篇：《情系红树、献身中国生态事业——记“中国红树林之父”林鹏院士》，概括了林鹏院士研究红树林、献身中国生态事业的一生；第一部分收录论文22篇，论述红树植物生态生理学特性，如抗盐特性、淹水胁迫响应等；第二部分收录论文18篇，论述了红树林中的鸟类、底栖动物、微生物和藻类等类群的生物多样性；第三部分收录论文8篇，论述了红树林植物的活性物质的特性、丹宁代谢以及植物激素作用等；第四部分收录论文4篇，论述红树植物形态学特性；第五部分收录论文4篇，论述了红树植物种群遗传变异和分化；第六部分收录论文6篇，论述了红树林的保护和牛杰恢复。
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