《怀疑的化学家》旨在以实验为基础摧毁一切旧自然哲学的物质学说的不可靠的实验基础，其中也夹杂有他对物质之谜的构想，一种不同于以前的任何一种原子论或微料论的构想。 《怀疑的化学家》全书共分六部分，外加“序
波义耳
