全书共收录了常见的消化疾病35种，按概述、诊断、分证论治和中成药应用举例、疗效判定标准等五个部分编写。概述部分以精练的语言简单介绍了该病的定义、病因学、流行病学和中医病名。诊断部分分为疾病诊断、西医分类诊断和中医证候诊断，其中疾病诊断参照了西医学对该病的最新认识与指南；分类诊断按需要对该疾病的分型、分期、分级、分度等进行论述；证候诊断是全书的精华部分，按照循证医学的方法，通过临床荟萃分析手段集中了该病最常见的临床证候标准并基本按照证候由高到低的频率排列，证候标准在参照国家标准的基础上，按主症和次症的不同而定，具有较强的临床操作性与实用性。疗效判定标准收录了临床疗效标准和证候疗效标准，为临床与科研提供依据；而证候疗效标准的症状分级则放在附录篇中，各论中不再单独论述。分证论治分别对各证候的治法、主方、方药进行论述，主方以成方为主并提供出处供读者参考；方药则按照君、臣、佐、使进行排列。中成药应用举例参考国家基本用药目录收录的中成药为主。
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