文殊师利菩萨不二法门有众多经典，现在先选出两本诠释其密意。《文殊师利二经密意》所选两经为《文殊师利说般若会》及《文殊师利说不思议佛境界经》。选这两本经的缘故，是由于两经所说彼此可以融汇。《文殊师利说般若会》是由不二法门来说空性，说法与“缘生性空”亦无相违。 于不二法门中，由缘生而成为有的只是现象，这些现象不能执为实法，因此一切诸法本体为空。与空相对，则是执现象为实法的有。如何超越有法，即是于不二中离一切相对，因为凡执现象为实法必依相对，倘若超越相对，即成不二，是即于不二中超越有法。 当超越有法时，倘若要追究一切诸法的自性，不二法门便说之为“本性自性”，亦即一切诸法以其本性为自性。 识境中的因果，亦必须说其自性为本性，当知本性即是不可思议佛境界时，自然由不二而超越因果，亦必须超越因果才能现证深般若波罗蜜多。 这样，便引导到《文殊师利说不思议佛境界经》。这本经先说佛境界，然后说入佛境界的观修。是故本经说佛境界之余，亦有很大的篇幅说由观修悟入佛境界之所行，这便是本经的第二部分。 在这部分，又再分为两份。先说不放逸行，行者必须以不放逸行为前行，然后才可以入经中所说的菩萨道。 文殊师利于说此两份菩萨行时，许多处并未依不二而说，如说“头陀功德”，即依识境而说，此即因并非全为已登地的菩萨说法，实亦同时为欲入菩萨道的初机而说，是故即不能唯依不二而行。 如上所说，便知道我们为什么将此两经合成一册，说其密意。望读者能依此脉络来理解文殊所说的密意。
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