《水域营养生态学》共分三部分，第一部分水域营养生态学，主要介绍了生态学基础知识、生态位基本理论等；第二部分水域污染与生态灾害，主要介绍了水域污染与生态效应，介绍由于水域污染造成的富营养化、赤潮、绿潮、海星爆发，以及污染的生态效应和污染物的生物积累等；第三部分生态恢复，主要介绍了生态恢复和生物操纵的理论和实践，提出通过养殖水域生态系统结构优化、发展无公害水产养殖等，促进海洋事业的可持续发展。
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