《汤姆叔叔的小屋》的全书都被同一个主题所主宰：奴隶制度的罪恶与不道德。当斯托夫人在她的文字里写入次要的主题时——譬如母亲的道德权威以及由基督教提供拯救的可能性——她都会强调这些主题与奴隶制的恐怖之间的联系。几乎在小说的每一页里，斯托夫人都在积极推动着“奴隶制度不道德”这一主题，有些时候她甚至会改变故事叙述的口吻，以向人们“布道”奴隶制的破坏天性（譬如，在载着汤姆前往南方州的轮船上，有一名白人女性这样说道：“奴隶制的最可怕之处就在于对感情和亲情的践踏——比如拆散人家的骨肉。”）通过对黑奴制度拆散他人家庭的刻画，斯托夫人用文字展现出了奴隶制度罪恶。 “在自由的土地上，逃亡者们安全了。” 因为斯托夫人认为母性是“所有美国人生活中的道德与伦理模范，”并相信，只有女性才拥有将美国从奴隶制的恶魔手中拯救出来的道德权威；这便是《汤姆叔叔的小屋》中表达出的另一个主题：女性的道德力量与圣洁。在书中，这种角色的例子有伊丽莎——一位带着小儿子逃亡的黑奴（并最终与其全家团聚），或者小伊娃——她被视为一名“理想的基督徒”；正是通过这样的角色，斯托夫人表明了这一观点：女性能够拯救她们身边的人，哪怕是最不道义的人。但后来的评论也提到，斯托夫人笔下的女性角色一般都以家庭主妇的老套形象出现，而不是现实中的女性。此外，斯托夫人的小说“重申了女性所发挥的影响的重要性”，并为随后几十年里女权主义运动道路的铺平作出了贡献。
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